《使命召唤6：现代战争2》现代战争5年后的故事
《使命召唤：现代战争2》延续了《使命召唤4：现代战争》的背景，不过时间已经发生在五年后。在《现代战争2》当中，为玩家叙述了五年前核弹爆炸的事情。因为这次核爆炸，让美国的一位将军面子大失，同样也让美国的强大军事形象受到了影响。这位极度爱国的将军于是策划了一场浩瀚的战争准备重新树立美军形象。前作中很多重要角色（活着的）都会出现在新作当中。玩家在本作中控制的角色有4个人：机场恐怖袭击关卡中的卧底艾伦；只在美国本土战斗中出现的第75游骑队的拉米雷斯；美国本土之外的141特殊任务小队的小强；最后三座的控制前作的主角肥皂。
五年前的主力反恐部队是SAS，队长普莱斯，中士“肥皂”，他们与俄罗斯恐怖分子扎卡夫的恐怖势力鏖战，阻止了大面积的核打击，并在最后上演了一幕经验的刺杀行动：扎卡夫和手下步步逼近被大爆炸击倒在地的战士们，杀死了其他部队成员来到普莱斯和肥皂面前，普莱斯将手枪悄悄滑向肥皂，肥皂用最后的力量击倒了扎卡夫和他的两个贴身护卫之后美军救援部队赶到，最后的镜头中，医务人员为伤势过重的普莱斯进行最后的复苏疗法，肥皂则被安全撤离....
141特殊任务小队
扎卡夫死后，俄罗斯的极端民族主义激进组织有扎卡夫生前的同僚马卡洛夫领导，抱着自己雄厚野心的马卡洛夫将扎卡夫的死宣扬成光荣的殉难，以此将恐怖组织在俄罗斯的基本建设的更加强大。鉴于马卡洛夫的组织的日益强大，国际联盟组建一支名为141的特殊任务小队（Task Force 141）与其对抗。141特殊任务小队直属施佩德将军指挥，施佩德负责全部任务的指导，主要成员:精英突击手“小强”，肥皂已经荣升为特殊空军部队的上尉，现役141小队队长；幽灵，神秘莫测的强力战士，头上一直戴着印着骷髅图形的巴拉克拉法帽。
艾伦在俄罗斯机场
美军安排了一名卧底艾伦到马卡洛夫身边，艾伦为了增强马卡洛夫的信任参与了袭击俄罗斯机场的行动，恐怖组织屠杀了成百上千的无辜平民，在躲开赶来的保安人员的袭击后，一行人欲乘坐救护车逃走，走在最后的艾伦要上车时，马卡洛夫将他射杀。原来马卡洛夫早已经查处艾伦是美军的卧底，于是借助此次恐怖袭击结束之时，在现场留下了参与恐怖袭击而真实身份是美军的艾伦的尸体，想借此将此次屠杀栽赃给美国。俄军果然查到艾伦的身份，误以为此次行动时美军所为，于是对美国本土展开大举进攻，百架战机直攻华盛顿地区。自此，战事完全展开，分两条线进行:一方是141小队捉拿马卡洛夫，玩家扮演小强；另一方是美国境内的第75游骑对在华盛顿地区抵抗俄罗斯的奇袭，玩家扮演拉米雷斯。
小强的反恐行动
通过机场子弹的来源追踪到南美洲巴西里约热内卢，之后141小队到防守森严的俄罗斯库页岛援救普莱斯上尉（上尉为何被关入监狱并未详细讲述），如电影 石破天惊 一样惊险刺激的脱狱过程后，普莱斯上尉和肥皂的双人搭档又重新组合。随后得知俄罗斯要发射核弹，普莱斯不顾施佩德将军的命令，违命突袭俄罗斯核潜艇，并成功将核弹发射到高空引爆，在核弹不伤及太多国民的前提下引发范围极大的EMP，美国东部大范围地区电路故障，这样做的目的是切断远程征战的俄军的通信能力，并让其所有电子设备失去战斗能力。
拉米雷斯的游骑对抵抗俄军奇袭
之前，华盛顿地区已经在在俄军的奇袭中全面沦陷，白宫被炸的支离破碎，而核弹爆炸引发的EMP使得俄军战力瞬间丧失，飞机纷纷从天空中坠落，只有熊熊战火点亮漆黑的夜空，在士兵眼中，疯狂的世界被笼罩在血红的光中，没有通讯设备，没有上级指挥，枪械上的激光瞄准装置也失去了作用（红点消失），机械瞄准枪械再次成为唯一的顺手武器拉米雷斯所在的小队在黑暗中摸索，向着威士忌旅馆的秘密掩体前进，战士们在冰冷的秋雨中躲避着空中坠落的飞机，无法得知对面近在咫尺的一群人是敌是友，“Star” 对“Texas”的暗号成了判断敌友的唯一标准，失去电子设备的“现在战争”尽显狼狈。通过艰难的战斗，终于战胜了失去眼睛和大脑的俄军远征部队，当拉米雷斯一行人站在白宫顶眼下昔日繁华的华盛顿如此已经是满目疮痍。
小强取得恐怖组织的证据
141小队的普莱斯和肥皂前去搞核潜艇，小强和幽灵则取马卡洛夫的别墅收集证据，将DSM连接到其电脑网络上下载了所有的恐怖活动证据、资料后撤退，躲开马卡洛夫的手下的追击后，施佩德将军乘飞机赶到，当小强满心欢喜，认为任务顺利完成之时，施佩德反目杀死小强和幽灵，并将他们的尸体焚烧。
肥皂和普莱斯，敌友难辨
原来施佩德才是幕后黑手，他夺走了马卡洛夫的所有资料和证据，同时通缉马卡洛夫和普莱斯上校，两方势力在“飞机墓场”展开大战，坠机的肥皂(玩家控制）在混乱中匍匐前进试图与佩莱斯汇合。普莱斯直接与马卡洛夫通话：“施佩德已经取得你的所有资料和犯罪证据，这就相当于他已经得到了一张空白支票。现在告诉我施佩德的下落，剩下的交给我。你我都知道，你活不过一个星期了。”
马卡洛夫：“你也活不过。”
普莱斯：“你没听过那句谚语吗？敌之敌亦我友。”
马卡洛夫：“总有一天会发现自己腹背受敌。施佩德在使用Site HOTEL BRAVO作为基地。我们地狱中再见吧！”
普莱斯：“如果你比我先到，就带我向扎卡夫问好吧！”
肥皂和普莱斯汇合后，在原俄罗斯现任尼克拉的帮助下到达了施佩德的所在地。普莱斯预先录制了警醒世人的音频：“没有人在早晨醒来时会认为今天就是世界的末日。在这不为人知的地方，我们拿起武器，为了所有人民搏上性命。会成功，会杀死他。只有胜利者才能书写历史，充满谎言的历史。如果他还活着，我们死了，那么他说的一切都是真的，不管施佩德到底做了什么不为人知的事情，但他终究成为世人的英雄，因为这个世界只需要一个真相，一个背面全黑的白色谎言。”
一番追逐战之后，施佩德的直升机追回，所有人都迷失在昏黄的风沙中，用上拳脚和匕首的战斗惨烈而绝望，肥皂拔出插进自己胸膛的匕首投向正在厮打的普莱斯的施佩德，飞刀正中其额头。
施佩德曾说:“5年前，眨眼之间，我便失去了三万人(扎卡夫引爆核弹的结果），然而整个世界就那么干瞪眼。明天，我们仍旧不会缺少志愿者和爱国者。”一切的真相就是如此，一个一直以来没有秩序、渴望混乱的恐怖分子引发了美俄之战；一个在战争中迷思了自我的将军和恐怖分子串通，编造的巨大的谎言，希望亲自救出战争中的美国成为英雄，强势军力，肃清异己；一群不顾自身安危的士兵，在现代战争的炮火中无畏前行，只为自己心中的真相，洒下鲜血，抛下生命。
就结局看，肥皂虽然拔出了胸口的匕首，但是他和普莱斯都不会死，而马卡洛夫的下场并未交代，不过既然干掉了施佩德将军，那么得到马卡洛夫全部资料的美军应该很容易就彻底清除掉恐怖组织势力。美俄大战如此看上去是一场误会，然而和美军将军施佩德脱不了关系，而之前比如为何俄罗斯可以查出艾伦的底细，却查不到和马卡洛夫有关，鲁莽出兵攻击美国之举的看似bug的剧情，其实是可以按照施佩德从中运用手段引导俄罗斯这一暗线来解释。死伤人数无数的美俄大战应该不会就此结束，首都被炸得千疮百孔的美国自然不会善罢甘休，这也算大体向着施佩德希望的方向迈了一步。《现在战争2》的续作应该会延续本作剧情，继续讲述几个重要角色在“现在战争”总所经历的“历史”。